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Notice de DICARTO packagé avec R : Différence entre versions

De Wikhydro
(DICARTO 10a Creation transects :)
(Listes des routines développées)
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Permet de réaliser la cartographie en cote d'eau, sous format raster, des résultats d'un modèle 1D.
 
Permet de réaliser la cartographie en cote d'eau, sous format raster, des résultats d'un modèle 1D.
 
=== DICARTO 09c DifferenceTA : ===
 
=== DICARTO 09c DifferenceTA : ===
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Permet de réaliser la différence entre deux raster par croisement des tables d'assemblage. La fonction permet par exemple de réaliser des cartographies de hauteurs d'eau à partir de fichiers raster de cotes d'eau (post1DProfil voir Post1DCasier) et fichiers MNT. Autre exemple : croiser un raster de PHE avec un raster MNT.
 
=== DICARTO 10a Creation transects : ===
 
=== DICARTO 10a Creation transects : ===
 
Permet de créer des transects perpendiculairement à un axe. S'appuie fortement sur [http://grass.osgeo.org/grass70/manuals/addons/v.transects.html v.transects de GRASS 7]
 
Permet de créer des transects perpendiculairement à un axe. S'appuie fortement sur [http://grass.osgeo.org/grass70/manuals/addons/v.transects.html v.transects de GRASS 7]
Attention : cette fonction semble ne pas fonctionner sur tous type de PC actuellement.
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<br />Attention : cette fonction semble ne pas fonctionner sur tous les PC actuellement.
  
 
=== DICARTO 10b Interpolation Profils 1D : ===
 
=== DICARTO 10b Interpolation Profils 1D : ===
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=== DICARTO 10f ProjectionTraceShape3d : ===  
 
=== DICARTO 10f ProjectionTraceShape3d : ===  
 
Permet de projeter un ensemble de points relevés (par exemple par levé bathymétrique) sur une trace de profil en travers prédéfinie
 
Permet de projeter un ensemble de points relevés (par exemple par levé bathymétrique) sur une trace de profil en travers prédéfinie
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=== DICARTO 11 Extrait Dalle : ===
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Permet d'extraire une partie d'une table d'assemblage ainsi que tous les fichiers liés à partir d'une sélection manuelle des dalles concernées.
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<br />Attention : Selon certaines configuration la fonction ne se lance pas correctement. Dans ce cas effectuer un clic droit/edit script/executer pour lancer la commande.
 
{{Auteur|NomAuteur=Céline Trmal}}
 
{{Auteur|NomAuteur=Céline Trmal}}
 
{{Auteur|NomAuteur=Frédéric Pons}}
 
{{Auteur|NomAuteur=Frédéric Pons}}
 
{{Auteur|NomAuteur=Mathieu Alquier}}
 
{{Auteur|NomAuteur=Mathieu Alquier}}

Version du 8 octobre 2015 à 07:37

Les routines DICARTO ont été mises au point pour satisfaire à court terme les exigence de la cartographie de la directive inondation. Aujourd'hui elles intègrent toute une gamme de petits outils qui permettent de traiter facilement les MNT Lidar. Elles ont d'abord été réalisées dans un environnement Matlab, pour plus de détails : Notice_de_DICARTO.

Aujourd'hui, le Cerema/DterMed transforme petit à petit ces outils vers un environnement R qui, sous qgis, rend la mise en œuvre plus conviviale et simple.

Sommaire

Installation de R et de ses packages

Pour faire fonctionner les routines il faut dans un premier temps installer le logiciel R. Il est téléchargeable à partir du site http://www.r-project.org/

R est alimenté par un certain nombre de packages, qu'il convient d'installer au préalable. Voilà la liste de ce que nous utilisons actuellement dans nos routines :

Il est conseillé de tout télécharger au format .zip et ensuite de tous les installer depuis le logiciel R en sélectionnant tous les zip (cf Copie d'écran ci-dessous).

DICARTO R installation des packages.jpg Installation des packages depuis le logiciel R DICARTO R installation des packages 2.jpg Sélection de tous les packages au format zip

Installation de Grass 7

Contrairement à la version DICARTO sous Matlab qui s'appuyait sur Grass 6.4 livré avec le produit Qgis-Grass, la version DICARTO sous R utilise Grass 7 qui n'est pas encore livré avec le produit Qgis-Grass 2.6 du ministère, mais qui est livré avec Qgis-Grass 2.8 (version non ministère)(mais des problèmes dans le plugin Grass subsiste).

Si vous utilisez Qgis-Grass 2.6 packagé ministère, il vous faut installer Grass 7. La version actuellement utilisée est la première stable : Grass 7.0.1 du 31 juillet 2015 [1]

Utilisation des routines DICARTO depuis Qgis 2.6

Depuis Qgis il est possible de lancer des routines R qui sont formatées en conséquences (format .rsx). Ceci se fait via la "toolbox" ou "Boites à outils de traitement".

DICARTO R boite a outil qgis.jpg La boite à outil de traitement dans Qgis

Si celle-ci n'apparaît pas au lancement de Qgis, il est possible de l'ouvrir via le menu "Processing" puis "toolbox" La boite à outil de traitement dans Qgis

Configuration de Qgis (à faire la 1ère fois)

La 1ère fois que l'on veut faire fonctionner des scripts R quelques configurations sont nécessaires. Elles se font via le menu "processing" puis "options and configurations", alors la fenêtre "options de traitement" apparait. Ensuite :

  1. Cocher la case "keep dialog open after running an algorithm" (cf copie d'écran ci-dessous), pratique pour voir les messages d'erreur ou tout simplement savoir si le calcul est fini
  2. Cocher la case "Activate" du menu "R scripts", puis choisir le répertoire des Routines Cerema, puis le répertoire d'installation de R (cf copie d'écran ci-dessous)
  3. Cliquer sur OK
  4. Les routines DICARTO doivent apparaître dans la boite à outil de traitement (cf copie d'écran ci-dessous).

DICARTO R boite a outil qgis config.jpg Configuration de la boite à outil de traitement dans Qgis

Initialisation de Grass (à faire à chaque fois)

Quasi toutes les routines DICARTO utilisent Grass 7 (sauf DICARTO1b Table d'assemblage ASC et DICARTO4b Lissage Creneaux). Il faut en premier lieu initialiser Grass par la routine "DICARTO0 Initialisation de Grass", double-cliquer dessus la fenêtre ci-dessous s'ouvre. La compléter en s'aidant de l'aide et cliquer sur "Run" (cf copie d'écran ci-dessous).
ATTENTION : si on modifie le chemin de l'exe de Grass, remplacer c:\ par c:\\

DICARTO R DICARTO0.jpg Menu de DICARTO0


Une fois la fenêtre complétée, un fichier texte "Init_Routine_CeremaN.txt" où N correspond au numéro du calcul est créé dans le répertoire des routines et est relu à chaque lancement de routines.

Lancement d'une routine

Comme pour la routine DICARTO0, double cliquez sur le script pour le lancer et s'aider de l'aide pour compléter les menus. Appuyer sur "Run" pour que le calcul commence.

Utilisation des routines DICARTO depuis R

Avantages :

  • pouvoir faire tourner plusieurs calculs sur des dossiers GrassData différents en même temps
  • gain de temps de l'ordre de la minute au lancement de la routine

Inconvénients :

  • Pas de menus pour rentrer les paramètres

Procédures :

  • Repérer le répertoire où sont stockées les routines Cerema
  • Modifier ou créer un nouveau fichier dans ce répertoire "Init_Routine_CeremaN.txt" où N correspond au numéro du calcul avec pour contenu, celui-ci doit être adapté à votre cas :
#Chemin de l'exe de Grass

C:/GRASS GIS 7.0.0
#Monde Grass temporaire (1=oui, 0=non)
0
#Chemin des donnees Grass
C:/GRASSDATA
#Localisation
WIKHYDRO
#Jeu de donnees
EXEMPLE
#Projection (EPSG)
2154
#Chemin des routines R
C:/R/Routine_Cerema

  • Lancer R
  • Ouvrir la routine à faire tourner (au format .R)
  • Modifier les paramètres à la main en début de routine
  • Sélectionner toutes les lignes de routines (Ctrl+A) et cliquer droit "Exécuter la ligne ou la sélection"
  • Et c'est parti pour le calcul ! des menus peuvent apparaître demandant de sélectionner des fichiers.

Listes des routines développées

Ci-dessous la liste des routines DICARTO basculées en R utilisable dans Qgis ou directement dans R, entre parenthèse le numéro de la version en cours, pour plus d'informations voir les aides des routines dans Qgis :

DICARTO 00 Initialisation Grass :

Stocke les données nécessaires à l'ouverture de Grass dans un fichier Init_Routine_CeremaN.txt.
NB : Il est possible de modifier le menu affiché par défaut (notamment modifier le chemin de l'exe de grass) en modifiant le fichier "DICARTO_00_Initialisation_Grass.rsx" avec Notepad++. Ce fichier .rsx est situé dans le répertoire des routines.

DICARTO 00b Supression monde Grass :

Permet de supprimer tous les répertoires de travail sous Grass. Utile en cas de plantages répétés

DICARTO 01b Table Assemblage ASC :

Permet de créer une table d'assemblage à partir de rasters (.asc) stockés dans un répertoire donné

NB : Afin que la table d'assemblage soit en forme il est nécessaire de charger le fichier qml au préalable. Pour cela effectuer un "clic droit/Editer les styles par defaut" sur le script DICARTO1b puis charger le fichier de style qml requis, présent dans le répertoire "Routine_Cerema_pourdiffusion\Qml"

DICARTO 01c Table Assemblage ASC  :

Permet de créer une table d'assemblage à partir de tous les rasters (.asc) stockés dans un répertoire donné ainsi que tous ses sous répertoires

DICARTO 02 Fusion Raster :

Permet de fusionner des rasters (.asc) sur des secteurs définis

DICARTO 02 Statistiques Raster :

Permet de réaliser des statistiques sur plusieurs fichiers raster selon une fonction à définir (méthode r.series : maximum, minimum, average... voir https://grass.osgeo.org/grass64/manuals/r.series.html)

DICARTO 03a Classement :

Permet de classer, puis de vectoriser des données raster (une ou plusieurs dalles) et d'appliquer un algorithme de nettoyage. Voir aussi la page Classement en iso-valeurs des données LIDAR.

DICARTO 03b Classement Simple :

Permet de classer, puis de vectoriser des données raster (une ou plusieurs dalles).

DICARTO 04b Lissage Creneau :

Permet de lisser les contours des vectorisations des rasters en supprimant les marches d'escalier

DICARTO 06 Rupture de Pente :

Permet de détecter les ruptures de pente. Voir aussi la page Détection de lignes de rupture de pentes avec le LIDAR

DICARTO 07 Detection Remblai :

Permet de détecter les remblais. Voir aussi la page Détection de remblai avec le LIDAR

DICARTO 08 Zone protegee A améliorer :

Permet de déterminer au format raster les zones protégées des submersions marines

DICARTO 09a Post 1DCasier :

Permet de réaliser la cartographie en cote d'eau, sous format raster, des résultats d'un modèle 1D casier.

DICARTO 09b Post 1DProfils :

Permet de réaliser la cartographie en cote d'eau, sous format raster, des résultats d'un modèle 1D.

DICARTO 09c DifferenceTA :

Permet de réaliser la différence entre deux raster par croisement des tables d'assemblage. La fonction permet par exemple de réaliser des cartographies de hauteurs d'eau à partir de fichiers raster de cotes d'eau (post1DProfil voir Post1DCasier) et fichiers MNT. Autre exemple : croiser un raster de PHE avec un raster MNT.

DICARTO 10a Creation transects :

Permet de créer des transects perpendiculairement à un axe. S'appuie fortement sur v.transects de GRASS 7
Attention : cette fonction semble ne pas fonctionner sur tous les PC actuellement.

DICARTO 10b Interpolation Profils 1D :

Permet de projeter des profils sur un MNT et ainsi de connaitre l'altitude Z des points du profils dont l'espacement est défini par l'utilisateur. Voir aussi la page Création de profils en travers à partir de données LIDAR

DICARTO 10c Interpolation Points 1D :

Permet de projeter des points sur un MNT et ainsi de connaitre l'altitude Z des points

DICARTO 10e ProjectionTraceShape3d :

Permet de projeter un ensemble de points relevés (par exemple par levé bathymétrique) sur une trace de profil en travers rectiligne moyenne

DICARTO 10f ProjectionTraceShape3d :

Permet de projeter un ensemble de points relevés (par exemple par levé bathymétrique) sur une trace de profil en travers prédéfinie

DICARTO 11 Extrait Dalle :

Permet d'extraire une partie d'une table d'assemblage ainsi que tous les fichiers liés à partir d'une sélection manuelle des dalles concernées.
Attention : Selon certaines configuration la fonction ne se lance pas correctement. Dans ce cas effectuer un clic droit/edit script/executer pour lancer la commande.

Le créateur de cet article est Céline Trmal
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Le créateur de cet article est Frédéric Pons
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Le créateur de cet article est Mathieu Alquier
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