Notice de DICARTO packagé avec R
Les routines DICARTO ont été mises au point pour satisfaire à court terme les exigence de la cartographie de la directive inondation. Aujourd'hui elles intègrent toute une gamme de petits outils qui permettent de traiter facilement les MNT Lidar. Elles ont d'abord été réalisées dans un environnement Matlab, pour plus de détails : Notice_de_DICARTO.
Aujourd'hui, le Cerema/DterMed transforme petit à petit ces outils vers un environnement R qui, sous qgis, rend la mise en œuvre plus conviviale et simple.
Installation de R et de ses packages
Pour faire fonctionner les routines il faut dans un premier temps installer le logiciel R. Il est téléchargeable à partir du site http://www.r-project.org/
R est alimenté par un certain nombre de packages, qu'il convient d'installer au préalable. Voilà la liste de ce que nous utilisons actuellement dans nos routines :
- rgrass7 : télécharger la dernière version
- XML : télécharger la dernière version
- raster : télécharger la dernière version
- sp : télécharger la dernière version
- rgdal : télécharger la dernière version
- rgeos : télécharger la dernière version
Il est conseillé de tout télécharger au format .zip et ensuite de tous les installer depuis le logiciel R en sélectionnant tous les zip (cf Copie d'écran ci-dessous).
Installation des packages depuis le logiciel R Sélection de tous les packages au format zip
Installation de Grass 7
Contrairement à la version DICARTO sous Matlab qui s'appuyait sur Grass 6.4 livré avec le produit Qgis-Grass, la version DICARTO sous R utilise Grass 7 qui n'est pas encore livré avec le produit Qgis-Grass 2.6 du ministère, mais qui est livré avec Qgis-Grass 2.8 (version non ministère)(mais des problèmes dans le plugin Grass subsiste).
Si vous utilisez Qgis-Grass 2.6 packagé ministère, il vous faut installer Grass 7. La version actuellement utilisée est la première stable : Grass 7.0.1 du 31 juillet 2015 [1]
Utilisation des routines DICARTO depuis Qgis 2.6
Depuis Qgis il est possible de lancer des routines R qui sont formatées en conséquences (format .rsx). Ceci se fait via la "toolbox" ou "Boites à outils de traitement".
La boite à outil de traitement dans Qgis
Si celle-ci n'apparaît pas au lancement de Qgis, il est possible de l'ouvrir via le menu "Processing" puis "toolbox" La boite à outil de traitement dans Qgis
Configuration de Qgis (à faire la 1ère fois)
La 1ère fois que l'on veut faire fonctionner des scripts R quelques configurations sont nécessaires. Elles se font via le menu "processing" puis "options and configurations", alors la fenêtre "options de traitement" apparait. Ensuite :
- Cocher la case "keep dialog open after running an algorithm" (cf copie d'écran ci-dessous), pratique pour voir les messages d'erreur ou tout simplement savoir si le calcul est fini
- Cocher la case "Activate" du menu "R scripts", puis choisir le répertoire des Routines Cerema, puis le répertoire d'installation de R (cf copie d'écran ci-dessous)
- Cliquer sur OK
- Les routines DICARTO doivent apparaître dans la boite à outil de traitement (cf copie d'écran ci-dessous).
Configuration de la boite à outil de traitement dans Qgis
Initialisation de Grass (à faire à chaque fois)
Quasi toutes les routines DICARTO utilisent Grass 7 (sauf DICARTO1b Table d'assemblage ASC et DICARTO4b Lissage Creneaux).
Il faut en premier lieu initialiser Grass par la routine "DICARTO0 Initialisation de Grass", double-cliquer dessus la fenêtre ci-dessous s'ouvre.
La compléter en s'aidant de l'aide et cliquer sur "Run" (cf copie d'écran ci-dessous).
ATTENTION : si on modifie le chemin de l'exe de Grass, remplacer c:\ par c:\\
Une fois la fenêtre complétée, un fichier texte "Init_Routine_CeremaN.txt" où N correspond au numéro du calcul est créé dans le répertoire des routines et est relu à chaque lancement de routines.
Lancement d'une routine
Comme pour la routine DICARTO0, double cliquez sur le script pour le lancer et s'aider de l'aide pour compléter les menus. Appuyer sur "Run" pour que le calcul commence.
Utilisation des routines DICARTO depuis R
Avantages :
- pouvoir faire tourner plusieurs calculs sur des dossiers GrassData différents en même temps
- gain de temps de l'ordre de la minute au lancement de la routine
Inconvénients :
- Pas de menus pour rentrer les paramètres
Procédures :
- Repérer le répertoire où sont stockées les routines Cerema
- Modifier ou créer un nouveau fichier dans ce répertoire "Init_Routine_CeremaN.txt" où N correspond au numéro du calcul avec pour contenu, celui-ci doit être adapté à votre cas :
#Chemin de l'exe de Grass C:/GRASS GIS 7.0.0 |
- Lancer R
- Ouvrir la routine à faire tourner (au format .R)
- Modifier les paramètres à la main en début de routine
- Sélectionner toutes les lignes de routines (Ctrl+A) et cliquer droit "Exécuter la ligne ou la sélection"
- Et c'est parti pour le calcul ! des menus peuvent apparaître demandant de sélectionner des fichiers.
Listes des routines développées
Ci-dessous la liste des routines DICARTO basculées en R utilisable dans Qgis ou directement dans R, entre parenthèse le numéro de la version en cours, pour plus d'informations voir les aides des routines dans Qgis :
DICARTO 00 Initialisation Grass :
Stocke les données nécessaires à l'ouverture de Grass dans un fichier Init_Routine_CeremaN.txt.
NB : Il est possible de modifier le menu affiché par défaut (notamment modifier le chemin de l'exe de grass) en modifiant le fichier "DICARTO_00_Initialisation_Grass.rsx" avec Notepad++. Ce fichier .rsx est situé dans le répertoire des routines.
DICARTO 00b Supression monde Grass :
DICARTO 01b Table Assemblage ASC :
Permet de créer une table d'assemblage à partir de rasters (.asc) stockés dans un répertoire donné
NB : Afin que la table d'assemblage soit en forme il est nécessaire de charger le fichier qml au préalable. Pour cela effectuer un "clic droit/Editer les styles par defaut" sur le script DICARTO1b puis charger le fichier de style qml requis, présent dans le répertoire "Routine_Cerema_pourdiffusion\Qml"
DICARTO 01c Table Assemblage ASC :
Permet de créer une table d'assemblage à partir de tous les rasters (.asc) stockés dans un répertoire donné ainsi que tous ses sous répertoires
DICARTO 02 Fusion Raster :
Permet de fusionner des rasters (.asc) sur des secteurs définis
DICARTO 02 Statistiques Raster :
Permet de croiser deux fichiers raster afin d'en déterminer le maximum
DICARTO 03a Classement :
Permet de classer, puis de vectoriser des données raster (une ou plusieurs dalles), algorithme de nettoyage inclu (méthode 1).
DICARTO 03b Classement Simple :
Permet de classer, puis de vectoriser des données raster (une ou plusieurs dalles), algorithme de nettoyage inclu (méthode 2). Voir aussi la page Classement en iso-valeurs des données LIDAR
DICARTO 04b Lissage Creneau :
Permet de lisser les contours des vectorisations des rasters en supprimant les marches d'escalier
DICARTO 06 Rupture de Pente :
Permet de détecter les ruptures de pente. Voir aussi la page Détection de lignes de rupture de pentes avec le LIDAR
DICARTO 07 Detection Remblai :
Permet de détecter les remblais. Voir aussi la page Détection de remblai avec le LIDAR
DICARTO 08 Zone protegee A améliorer :
Permet de déterminer au format raster les zones protégées des submersions marines
DICARTO 09a Post 1DCasier :
Permet de transformer en raster un fichier shape (de type polygones) de résultats en cotes d'eau, issu d'un modèle 1D casier
DICARTO 09b Post 1DProfils :
DICARTO 09c DifferenceTA :
DICARTO 10a Creation transects :
Permet de créer des transects perpendiculairement à un axe. S'appuie fortement sur v.transects de GRASS 7
DICARTO 10b Interpolation Profils 1D :
Permet d'interpoler des profils sur un MNT et ainsi de connaitre l'altitude Z des points du profils dont l'espacement est défini par l'utilisateur. Voir aussi la page Création de profils en travers à partir de données LIDAR
DICARTO 10c Interpolation Points 1D :
Permet d'interpoler des points sur un MNT et ainsi de connaitre l'altitude Z des points
DICARTO 10e ProjectionTraceShape3d :
DICARTO 10f ProjectionTraceShape3d :
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