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La dégradation des habitats se traduit par leur altération, leur réduction, leur fragmentation, ou la destruction pur et simple des biotopes. C’est cette disparition qui est la plus grave. Il est alors extrêmement difficile de faire machine arrière. Les exemples les plus médiatisés de dégradations d’habitats côtiers portent sur les récifs coralliens et les mangroves. Cependant, aussi importants sous climat tempéré sont les prés salés et les vasières. Comme nous avons pu l'observer dans les estuaires du nord-ouest de la France, ce sont ces faciès qui ont été touchés en première ligne par la poldérisation. En conséquence, mais de façon indirecte, les dépôts de sédiments s'accélèrent dans les zones intertidales rétrécies. Des zones de haute productivité biologique disparaissent ainsi, ou sont amoindries .Paradoxalement, le tourisme, friand de nature, tend à détruire les habitats en les morcelant. Pourtant, l’intégrité de la zone côtière doit être maintenue face aux pressions d'aménagement. La Gestion Intégrée des Zones Côtières (GIZC) permet de sauvegarder des équilibres écologiques souvent fragiles.

Les milieux intertidal, avec leur diversité biologique réduite peuvent sembler avoir un intérêt secondaire. Pourtant, il n'y pas que les milieux à haute diversité qui méritent d'être aménagés rationnellement. Une faible diversité s'apparente en général à de hautes productivités, souvent exploitées par les humains. Le travail effectué par le WWF, l'IUCN et le PNUE sur l'eau douce, démontre qu'une façon complémentaire de conserver la diversité est de conserver les habitats. C'est donc une mosaïque d'habitats qui doit être préservée afin de maintenir une diversité de paysages qui traduisent une hétérogénéité optimale du milieu et son intégrité . A l'opposé, le danger de fragmenter les milieux littoraux devrait être évité grâce à l’apport de la recherche scientifique fondamentale et appliquée. Une méthodologie, intégrant une prise en compte des paramètres biologiques, sociologiques et économiques est maintenant au point pour restaurer les habitats dégradés.

Ces 20 dernières années ont vu la publication de travaux essentiels en écologie côtière, en particulier des études sur la dynamique et le potentiel des milieux estuariens et littoraux en réponses aux perturbations. Le degré de dégradation des habitats a été évalué dans le temps et l’espace selon une approche multiscalaire, faisant intervenir différentes échèles de temps et d’espace. Des indicateurs biologiques ont été définis est sont couramment utilisés , la capacité assimilatrice des écosystèmes a été évaluée afin d'estimer si l'intégrité des écosystèmes considérés a été touchée ou non. Il faut insister sur cette notion d'intégrité qui tient compte de tous les attributs fonctionnels du système, alors que la diversité biologique ne considère que la composition en éléments de niveau équivalent (espèces, notamment).

D'une façon générale, les déséquilibres observés sur la côte doivent être interprétés à la lumière de ce qui se passe en amont dans le bassin versant. Des programmes structurés pluridisciplinaires de surveillance et de monitoring sont en cours et sont indispensables. Les récentes décisions politiques majeures prises au niveau européen, grâce à la mise en application de la directive cadre sur l’eau, ont, implicitement ou explicitement, précisé les objectifs à atteindre rapidement en matière de gestion de l’eau et de qualité écologique. L’objectif de qualité du milieu qui sous-tend les futurs travaux de surveillance et de monitoring des eaux continentales, littorales et estuariennes devra rester prioritaire.

En particulier, des programmes coordonnés, permettant d'évaluer les effets des perturbations sur les systèmes biologiques, sont à développer. Certains indicateurs rendent compte que la limite a été dépassée et traduisent les déséquilibres dans certains systèmes biologiques. Il est temps alors de restaurer leurs fonctions initiales, en dépoldérisant un estuaire par exemple, c’est-à-dire en ré-estuarisant des territoires littoraux perdus à cause des aménagements passés. Reposant sur une approche scientifique rigoureuse, un projet de restauration écologique se bâtira autour :

*de procédures sensibles d’évaluation socio-écologique,
*de moyens de juger de la qualité écologique des milieux considérés,
*d’un programme de monitorage rigoureux, reposant sur un choix pertinent d’indicateurs,
*de la participation des communautés locales,

afin de définir des stratégies de restauration (et de conservation) compatibles avec le développement durable au niveau régional et européen.

On ne peut plus ignorer le changement climatique qui affecte la biosphère dans sa globalité. L’effet de serre et la remontée du niveau marin auront un effet prépondérant sur les milieux estuariens et littoraux. Les études menées par les scientifiques tant en biologie qu’en géomorphologie montrent d'ores et déjà un possible effet d'une accélération du niveau de la mer au travers d'intrusions marines en estuaires à forte marée. Sur les littoraux, les conséquences des variations climatiques se déclinent en termes d'un accroissement de la fréquence et de l'intensité des tempêtes, des radiations solaires et des précipitations.

{{Auteur|NomAuteur=Jean-Paul Ducrotoy}}

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