Germe témoin (de contamination fécale) (HU)

Traduction anglaise : Indicator organism

Dernière mise à jour : 03/04/2021

Micro-organisme (en particulier bactérie), vivant dans l'intestin de l'homme, et dont la présence dans l'eau est le signe de la présence d'autres germes ou d'une contamination fécale.

Intérêt de cet indicateur

Ce type d'indicateur est utilisé pour évaluer la qualité sanitaire des eaux (en particulier des eaux destinées à la consommation humaine, des eaux de baignades ou des eaux conchylicoles). Il doit donc permettre d'estimer le risque épidémiologique et devrait en toute logique tenir compte de la présence plus ou moins importante de germes pathogènes.

Le nombre d'agents pathogènes potentiels étant très grand, il n'est pas possible de les étudier tous. Par ailleurs, leur abondance est toujours faible et les techniques analytiques à mettre en œuvre pour les mesurer sont lourdes et onéreuses. A l'inverse, certains micro-organismes (coliformes fécaux par exemple) se trouvent en très grand nombre dans les eaux usées (10⁹ à 10¹⁰ dans 100 ml) et leur numération est plus simple et plus rapide. Le principe de l'utilisation de germes témoins, est donc fondé sur l'idée que dans toute contamination d'origine animale ou humaine arrivant dans le milieu aquatique il existe des germes spécifiques, présents en grande quantité, donc facilement décelables. On se contente alors de rechercher ces micro-organismes, non nécessairement pathogènes, mais dont la présence est le signe d'une contamination fécale, ce qui laisse suspecter qu'il existe un risque épidémiologique.

Quels sont les germes que l'on peut utiliser ?

La représentativité de l'indicateur est d'autant meilleure que les germes étudiés se trouvent présents de façon proportionnelle aux autres bactéries pathogènes.

Au vu de ces principes, un micro-organisme est intéressant à rechercher comme témoin de contamination fécale s'il présente les caractéristiques suivantes :

• être associé aux organismes pathogènes et présent en beaucoup plus grande quantité ;
• être associé systématiquement et exclusivement à la source des organismes pathogènes ;
• présenter la même résistance que les organismes pathogènes à la désinfection, aux systèmes de traitement et à l'environnement aquatique ;
• être résistant et capable de résister longtemps dans le milieu extérieur ;
• être facile à identifier, à isoler et à doser.

Différents germes peuvent être utilisés. Citons :

• les coliformes fécaux (de loin les plus utilisés, en particulier escherichia coli) ;
• les streptocoques fécaux (abondants, spécifiques et assez résistants, peu pathogènes) ;
• les salmonelles  ;
• les clostridiums (en particulier clostridium perfringens) (très abondants et résistants, mais de spécificité discutable).

Devenir des micro-organismes dans les milieux aquatiques

Selon les conditions hydrodynamiques rencontrées dans le milieu aquatique (débit, vitesse, courant), les bactéries et virus, souvent associés à des particules, vont être transportés sur des distances plus ou moins grandes par rapport au point de rejet. Leur dilution sera également plus ou moins importante. Les conditions hydrodynamiques vont également conditionner leur sédimentation et éventuellement leur remise en suspension ultérieure si ces conditions changent (voir Figure 1). Leur détection est donc difficile et les quantités trouvées peuvent varier selon les lieux et les moments de prises d'échantillons.

De façon générale les milieux aquatiques sont peu favorables aux micro-organismes intestinaux, essentiellement du fait de l'ensoleillement et de la température. De façon plus spécifique, les bactéries d’origine fécale vont entrer en compétition avec les bactéries naturellement présentes dans ce milieu et adaptées à des concentrations plus faibles en nutriments.

On estime généralement que la durée moyenne de survie varie de 1 à 3 jours pour les bactéries en eau froide (la durée de survie augmente avec la température) à quelques semaines pour les virus.

Figure 1 : Devenir en mer des micro-organismes d’origine fécale ; Source : Piquet et al. (2011).

Autres indicateurs possibles

Des bactériophages et les coliphages, qui sont des virus pathogènes pour certaines bactéries spécifiques, sont également souvent employés à la place des virus entériques pour évaluer le risque de contamination dans des rejets d'eau usée et d'eau pluviale. Certains indicateurs chimiques tels que le stérol coprostanol fécal qui est produit dans l'intestin par la réduction microbienne de cholestérol, se sont également avérés être des indicateurs précis de pollution fécale.

Bibliographie :

• Piquet, J.C., Fillon, A., Thomas, G. (2011) : Caractérisation de la contamination microbiologique d’origine fécale de l’estuaire de la Seudre en période sèche ; Ifremer et Région Poitou-Charente ; 61p ; disponible sur : http://wikhydro.developpement-durable.gouv.fr/index.php?title=Germe_t%C3%A9moin_(de_contamination_f%C3%A9cale)_(HU)&action=edit

Pour en savoir plus : Dubreuil, J. (2001) : Réflexion sur la notion d'indicateur de risques sanitaires liés au rejet d'eaux usées en milieu littoral ; mémoire de fin d'études ENSP ; 90p. : disponible sur https://documentation.ehesp.fr/memoires/2001/igs/dubreil.pdf